Una de las ventajas de Puerto Quequén es la proximidad al océano Atlántico. En efecto, se alcanzan profundidades naturales de 46 pies a solo 1.500 mts. a boca de entrada a puerto.

La empresa se encuentra ubicada en el sur de la provincia de Buenos Aires, en el margen izquierdo de la desembocadura del Río Quequén Grande (38º 35º 5º de latitud sur, 58º 42º de latitud oeste). Su canal de acceso tiene una solera de 120 metros de ancho y una profundidad a la tosca de 14 metros (46 pies) en la zona protegida, y localizado sobre un área  no sedimentable de costa de la provincia de Buenos Aires, que para mantenerlo sólo requiere trabajo de dragada que en su totalidad no superan los 0.6 millones de metros cúbicos por año.

Es la puerta de egreso de cereales, olegionosas y demás productos. El transporte terrestre de mercadería tiene variadas opciones para canalizar sus cargas, puesto que existe una vasta red de rutas que vinculan a Puerto Quequén con diversos puntos del país y hacia el extranjero, considerando que además, 2 vías férreas, con puntas de riel en la estación marítima, permiten el flujo contínuo de cereales y otros insumos. Las características del puerto hacen justificable el empleo de un práctico para acceder a la salida del mismo, así como el uso obligatorio de remolques.